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alphafold

AlphaFold2 基于深度神经网络预测蛋白质形态，能够快速生成高精确度的蛋白质 3D 模型。以往花费几周时间预测的蛋白质结构，AlphaFold2 在几小时内就能完成。

项目地址: https://github.com/deepmind/alphafold

alphafold它的基本原理是：

alphafold首先将蛋白质序列转换为一个HMM（隐马尔可夫模型），并利用多序列比对和进化信息来计算每个残基对之间的距离和角度。

alphafold然后使用一个神经网络来预测蛋白质的三维结构，根据残基对之间的距离和角度约束来优化结构的能量和一致性。

alphafold最后可以选择是否对预测的结构进行松弛（relaxed），即使用分子动力学模拟来调整结构的局部细节，使其更符合物理规律。

relaxed和unrelaxed的区别主要在于：

relaxed的结构经过了松弛处理，因此更接近于实验观测到的结构，也更适合进行结构分析和功能预测。

unrelaxed的结构没有经过松弛处理，因此可能存在一些原子间的冲突或不合理的键角，也更容易受到预测误差的影响。

relaxed的结构需要更多的计算时间和资源，因此在某些情况下，unrelaxed的结构可能更快速或更方便地获得。

自行安装

安装文档

参考 https://github.com/kalininalab/alphafold_non_docker

使用

#BSUB -J alphafold
#BSUB -n 1
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q gpu
#BSUB -m gpu01

cd alphafold-2.2.0
source activate alphafold
bash run_alphafold.sh -d /share/database/alphafold_data -o alphafold_out -f test.fa -t 2021-11-01 -n 20 -m monomer

使用镜像

可按下面的lsf作业模板使用，一般需要的更改的参数只有--fasta_paths和--output_dir，分别是输入文件和结果输出目录。

因为GPU资源较少，如果数据量较少、GPU资源紧张时，也可以将alphafold作业提交到非GPU队列，下面为GPU队列作业模板和非GPU队列作业模板。

GPU队列

默认情况下，用户无GPU队列使用权限，若需要使用请参照 GPU节点使用。

gpu02节点因为GPU卡型号较老，测试中发现alphafold未能在该节点运行成功。下面模板中将作业交到了gpu01节点。

#BSUB -J alphafold
#BSUB -n 1
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q gpu
#BSUB -m gpu01

module load Singularity/3.7.3

singularity exec --nv --bind /share/database/:/mnt/ $IMAGE/alphafold/2.2.2.sif python /app/alphafold/run_alphafold.py \
--data_dir=/mnt/alphafold_data  \
--bfd_database_path=/mnt/alphafold_data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt  \
--uniclust30_database_path=/mnt/alphafold_data/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \
--uniref90_database_path=/mnt/alphafold_data/uniref90/uniref90.fasta \
--mgnify_database_path=/mnt/alphafold_data/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \
--pdb70_database_path=/mnt/alphafold_data/pdb70/pdb70 \
--template_mmcif_dir=/mnt/alphafold_data/pdb_mmcif/mmcif_files \
--obsolete_pdbs_path=/mnt/alphafold_data/pdb_mmcif/obsolete.dat \
--output_dir=alpha_out \
--fasta_paths=test.fa \
--max_template_date=2021-11-01 \
--model_preset=monomer

非GPU队列

#BSUB -J alphafold
#BSUB -n 1
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

module load Singularity/3.7.3

singularity exec --nv --bind /share/database/:/mnt/:ro $IMAGE/alphafold/2.2.2.sif python /app/alphafold/run_alphafold.py \
--data_dir=/mnt/alphafold_data  \
--bfd_database_path=/mnt/alphafold_data/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt  \
--uniclust30_database_path=/mnt/alphafold_data/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08 \
--uniref90_database_path=/mnt/alphafold_data/uniref90/uniref90.fasta \
--mgnify_database_path=/mnt/alphafold_data/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa \
--pdb70_database_path=/mnt/alphafold_data/pdb70/pdb70 \
--template_mmcif_dir=/mnt/alphafold_data/pdb_mmcif/mmcif_files \
--obsolete_pdbs_path=/mnt/alphafold_data/pdb_mmcif/obsolete.dat \
--output_dir=alpha_out \
--fasta_paths=test.fa \
--max_template_date=2021-11-01 \
--model_preset=monomer

benchmark

一条蛋白序列，大约250bp。

>ghd7
MSMGPAAGEGCGLCGADGGGCCSRHRHDDDGFPFVFPPSACQGIGAPAPPVHEFQFFGNDGGGDDGESVAWLFDDYPPPSPVAAAAGMHHRQPPYDGVVAPPSLFRRNTGAGGLTFDVSLGERPDLDAGLGLGGGGGRHAEAAASATIMSYCGSTFTDAASSMPKEMVAAMADDGESLNPNTVVGAMVEREAKLMRYKEKRKKRCYEKQIRYASRKAYAEMRPRVRGRFAKEPDQEAVAPPSTYVDPSRLELGQWFR
队列 运行时间(s) 最大内存(MB)
gpu 4523 13711
normal 32305 15024

深入学习

蛋白质结构预测

Alphafold2: 如何应用AI预测蛋白质三维结构 视频报告

AlphaFold2: 原理、应用和未来

colabfold

ColabFold 是 Sergey Ovchinnikov 等人开发的快速蛋白结构预测软件，使用 MMseqs2 替代 MSA，能够快速精准预测包含复合体在内的蛋白结构。项目地址：https://github.com/sokrypton/ColabFold

具体使用见集群文档 colabfold。

RoseTTAFold

RoseTTAFold使用三轨神经网络预测蛋白的结构和相互作用，相对于AlphaFold，RoseTTAFold的精度虽有所降低，但其运行所需的内存和运行时间大大降低。

具体使用见集群文档 RoseTTAFold。

intel open-omics-alphafold

open-omics-alphafold为intel官方在intel xeon cpu上优化过的alphafold，推理过程基于intel第4代可扩展处理器(sapphire rapids)AVX512 FP32 和 AMX-BF16，加速效果堪比NVIDIA A100。

具体安装使用见集群文档 open-omics-alphafold。

与原版alphafold2比较

软件 硬件 运行时间(s) 最大内存(MB)
alphafold2 CPU(intel 6150) 232305 15024
alphafold2 GPU(P100) 4523 13711
open-omics-alphafold CPU(intel 6150) 4996 21668
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