orthomcl

  • 准备mysql账号和密码

orthomcl在使用过程中会用到mysql数据库，集群mysql使用参考 mysql，mysql数据库的用户名和密码可从管理员处获取，下面以username和password代称。

  • 载入orthomcl-pipeline
$ module load orthomcl-pipeline/2.0.9
  • 在当前目录下生成配置文件

这一步会在mysql中创建一个数据库，数据库建议命名为 orthomcl_username，username为个人集群账号，以免与其他用户的数据库冲突

$ orthomcl-setup-database.pl --user username --password password --host s004 --database orthomcl_username --outfile orthomcl.conf 
Connecting to mysql and creating database orthomcl_username on host s004 with user username ...
OK
database orthomcl_username created ...OK
Config file orthomcl.conf created.
  • 运行orthomcl-pipeline
#BSUB -J orthomcl
#BSUB -n 20
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

module load orthomcl-pipeline/2.0.9
orthomcl-pipeline -i pep/ -o out -m orthomcl.conf --nocompliant -s $LSB_DJOB_NUMPROC --yes
  • 清理mysql数据库

orthomcl运行完成后，如果不再使用，请及时登录mysql数据库，删除上面步骤中创建的mysql数据库。

  • 参考

OrthoMCL Pipeline

Ortholog Detection with OrthoMCL

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