Trinity

下载最新的Trinity singularity镜像

https://data.broadinstitute.org/Trinity/TRINITY_SINGULARITY/

或者使用已下载好的，/share/Singularity/Trinity/2.12.0.sif

运行

 $ bsub -o trinity.log -n 30 -q smp -J trinity  "module purge;module load Singularity/3.1.1; singularity exec  $IMAGE/Trinity/2.12.0.sif Trinity --seqType fq --max_memory 400G --samples_file samples_file --CPU 30 --SS_lib_type RF --output trinity_out "
使用Trinity带的脚本 
$ singularity exec  $IMAGE/Trinity/2.12.0.sif /usr/local/bin/util/align_and_estimate_abundance.pl
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