fastlmmc
最近有同学在集群上跑fastlmmc,发现速度比之前慢很多,测试后发现可能是fastlmmc在新集群上默认用整个节点的CPU核去跑,线程数导致效率比较低。
建议在lsf脚本里加一个这个,申请一个核单线程跑,速度可以提升不少。
export MKL_NUM_THREADS=1;export OMP_NUM_THREADS=1
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