hisat2

hisat2运行时容易出现无法找到索引文件的报错,但程序不会自动退出,会让人误以为程序还在正常运行。

提交作业后注意用bpeek查看作业输出,以及比对结果,观察是否有异常。如有异常需及时杀掉作业,调整参数,重新投递作业。

$ bpeek 42220369
<< output from stdout >>

<< output from stderr >>
(ERR): "/public/home/username/ncbi/public/Araport/inx/TAIR10" does not exist
Exiting now ...
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