常见问题(FAQ)

1. 常用命令无法使用¶

用户编辑~/.bashrc 时，PATH 环境变量相关的部分编写错误，会导致出现下面这种常用命令无法使用的情况。

$ cat test.txt 
bash: cat: command not found...

$ /bin/vim ~/.bashrc

2. module av显示的软件很少¶

使用系统module之前，需要先设置相关环境变量，否则会出现module av 显示的软件很少，或module load 无法载入某个软件的情况。module环境配置见 Module使用

3. 节点/tmp空间不够¶

部分节点可能会因为作业在/tmp目录下写入的文件过多，导致系统盘耗尽，进而导致作业无法往/tmp目录内写入临时文件，出现类似如下的报错。

cannot create temp file for here-document: No space left on device

使用lsload命令查看该节点的资源信息，可看到tmp剩余空间为0，请联系管理员，清理/tmp目录。

$ lsload c01n01
HOST_NAME       status  r15s   r1m  r15m   ut    pg  ls    it   tmp   swp   mem
c01n01              ok   8.0   7.8   7.9  22%   0.0   0  4226    0    3.7G  241G

-R "select[tmp>10G]"

#BSUB -J program
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal
tmpn=`mktemp -u programname_XXXXX`
tmpd="${HOME}/tmp/${tmpn}"
mkdir -p ${tmpd}
echo ${tmpd}
export TMP=${tmpd}
# 运行程序
program...
# 清理临时文件
rm -r ${tmpd}

4. 存储超过配额¶

写入数据或程序运行时出现 Disk quota exceeded的报错，说明存储空间或文件数超过配额。diskquota 查看存储使用情况，清理账号下的数据至配额之下方可正常写入数据。建议对所有数据扫描一遍，压缩删除不必要的数据，参考 文件扫描。如果需要增加存储配额，可按这个步骤处理申请增加配额。

$ diskquota 
Filesystem type         blocks      quota      limit   in_doubt    grace |    files   quota    limit in_doubt    grace  Remarks
public     USR          43.74T        20T        20T          0   7 days |  9890452 17500000 17500000        0     none 
$ cp  data/NT/taxdb.btd.gz  .
cp: error writing ‘./taxdb.btd.gz’: Disk quota exceeded
cp: failed to extend ‘./taxdb.btd.gz’: Disk quota exceeded

5. github 下载缓慢¶

校园网下载github上的软件不稳定，经常会出现下载缓慢或无法链接的情况，可以使用github镜像，参考 github

6. 登录节点使用conda安装软件等待时间过长¶

conda安装软件过程中，会运行python程序，如果此时间过长，会被监控程序判定为在登录节点跑作业进而将相关python程序杀掉，导致conda安装过程一直处于等待状态，建议进入交互节点后再使用conda安装程序。R包安装过程也有类似问题，建议在交互节点安装R包。

此外conda安装软件时，刚开始的resolving时间可能会很长，建议使用mamba替代conda，见 mamba使用。

7. 新版conda命令行提示符异常¶

conda升级到22.9.0之后，激活conda环境出现如下的命令行提示符显示异常

(base) 
(base)

conda init bash

(base) [username@login01 ~]$

8. 'GLIBC_x.xx' not found¶

软件运行时出现类似version 'GLIBC_2.29' not found 的报错，一般是系统上glibc版本比较低导致的，解决方法见集群文档 glibc。

9. 'GLIBCXX_x.x.x' not found¶

部分应用程序使用高版本GCC编译，直接在集群上运行时，由于集群默认GCC版本较低(gcc 4.8.5)，会出现类似如下的'GLIBCXX_x.x.x' not found报错。

$ ./program
program: /lib64/libstdc++.so.6: version 'GLIBCXX_3.4.20' not found(required by program)

常用GCC版本与GLIBCXX的对应版本如下所示，完整列表见：ABI Policy and Guidelines

GCC 4.8.0: GLIBCXX_3.4.18, CXXABI_1.3.7

GCC 4.8.3: GLIBCXX_3.4.19, CXXABI_1.3.7

GCC 4.9.0: GLIBCXX_3.4.20, CXXABI_1.3.8

GCC 5.1.0: GLIBCXX_3.4.21, CXXABI_1.3.9

GCC 6.1.0: GLIBCXX_3.4.22, CXXABI_1.3.10

GCC 7.1.0: GLIBCXX_3.4.23, CXXABI_1.3.11

GCC 7.2.0: GLIBCXX_3.4.24, CXXABI_1.3.11

GCC 8.1.0: GLIBCXX_3.4.25, CXXABI_1.3.11

GCC 9.1.0: GLIBCXX_3.4.26, CXXABI_1.3.12

GCC 9.2.0: GLIBCXX_3.4.27, CXXABI_1.3.12

GCC 9.3.0: GLIBCXX_3.4.28, CXXABI_1.3.12

GCC 10.1.0: GLIBCXX_3.4.28, CXXABI_1.3.12

GCC 11.1.0: GLIBCXX_3.4.29, CXXABI_1.3.13

GCC 12.1.0: GLIBCXX_3.4.30, CXXABI_1.3.13

GCC 13.1.0: GLIBCXX_3.4.31, CXXABI_1.3.14

10. 常用库缺失解决¶

在安装或运行软件过程中经常出现类似 xxxx.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory的库缺失报错，一般加载或安装对应的库文件即可。

11. core dumped¶

造成"core dumped"错误的原因可能有多种，包括：

• 程序Bug：程序中存在错误、内存泄漏或未处理的异常，导致程序崩溃。在这种情况下，需要检查程序代码并修复错误，或向开发人员求助；

• 输入数据有问题。检查输入数据是否符合要求，或更换其他数据尝试；(如bsmap，参考基因组序列需要多行的格式，单行就出现core dump报错)

• 节点内存不够：程序使用的内存超过了系统可用的内存导致出错。可以更换内存更大的节点尝试；

12. too many open files¶

too many open files 报错的原因一般是某个进程打开了超过系统限制的文件数量，默认值为1024，非root用户可以使用命令设置到4096。

在本集群运行此作业如出现此报错，可在lsf脚本中添加 ulimit -n 4096 命令就可以临时将本账号的限制最大提升至4096，大于此值会出现权限不够的报错；如果还出现此报错，建议使用smp队列，smp队列中此值为32768；如果32768也不够，请联系管理员处理。

13. 软件离线运行¶

基于安全考虑，计算节点未联网，导致部分在运行过程中需要联网的软件无法正常运行，暂无统一解决办法，各软件离线运行方案如下。遇到类似问题可联系管理员协助处理。

• busco离线运行

• interproscan离线运行

• FunGAP离线运行

• IGV离线运行

• 部分WDL流程会在运行过程中下载singularity镜像，计算节点未联网会导致流程运行失败。解决办法为，在登录节点下载好镜像，然后替换WDL脚本中的镜像URL。如 atac-seq-pipeline 的WDL脚本中有2个地方用到了 https://encode-pipeline-singularity-image.s3.us-west-2.amazonaws.com/atac-seq-pipeline_v2.2.2.sif，首先下载这个镜像，然后将这个URL替换成 DIR/atac-seq-pipeline_v2.2.2.sif 即可

• nf-core 流程离线运行，见 nf-core
• nextflow 脚本离线运行需配置 export NXF_OFFLINE='true'