elai

Efficient Local Ancestry Inference（ELAI）是一种用于推断个体基因组局部祖源的软件工具。它的主要目的是确定一个个体基因组在特定位置上来自不同祖源的概率，通常是针对混合祖源的个体进行分析。ELAI 的主要优势包括：
可直接处理二倍体数据：ELAI 能够直接处理二倍体（diploid）数据，无需进行相位推断，这使得该软件在数据处理上更为简便。
无需重组图谱：ELAI 不需要外部提供重组图谱，而是通过内部隐式估计的重组率来推断局部祖源，这减轻了数据准备的负担。
可以检测较短的祖源轨迹长度：ELAI 能够检测到长度约为几十个 centi-Morgan 的局部祖源轨迹，这使得它在研究人类遗传多样性和人群迁徙等方面具有应用潜力。
新版本引入了样本权重：ELAI 的新版本为训练样本和队列样本分配权重，使得 ELAI 能够处理任意数量的队列样本，并且允许没有一个训练人群的情况。这进一步扩展了 ELAI 的适用范围，并提高了其实用性。

https://github.com/haplotype/elai

官方默认版本为单线程版本，另外也编译了一个多线程的版本，集群上使用方法如下。

$ module load Singularity/3.7.3   elai/1.21

$ singularity exec -B $ROOT:/opt/  $IMAGE/debian/debian11.sif /opt/bin/elai-mt

 ELAI version 1.21 (multithreading), visit http://www.haplotype.org for possible update.
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 Last update: 23 Aug 2023.

## randseed = 1715132246
-warning: genotype phenotype files not match 0  0
-elai: no valid input.

# 使用 -nthreads 参数设置4线程
$ singularity exec -B $ROOT:/opt/ $IMAGE/debian/debian11.sif /opt/bin/elai-mt -g mex-chr5.recode.geno.txt -p 10 -g parv-chr5.recode.geno.txt -p 11 -g Pan-chr5.recode.geno.txt -p 1 -pos mex-chr5.recode.pos.txt -s 20 -o chr5 -C 3 -c 20 -mg 6000 -nthreads 4

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