gromacs
GROMACS（GROningen MAchine for Chemical Simulations）是一个强大的分子动力学模拟软件包，用于研究原子、分子和生物分子的行为。它被广泛应用于化学、生物物理学和材料科学等领域，用于模拟和研究各种系统的动力学行为。
分子动力学模拟：GROMACS 提供了一套完整的工具和算法，用于模拟分子在时间上的演化。它使用牛顿运动方程和经典力场模型，可以模拟分子在不同条件下的结构、动力学和热力学性质。
功能广泛且可扩展：GROMACS 提供了丰富的功能和模块，包括能量最小化、平衡模拟、自由能计算、聚类分析等。它还支持多种模拟算法和可选的力场参数，可以根据需要进行定制和扩展。
高效的并行计算：GROMACS 是为高性能计算集群和超级计算机设计的，它利用现代计算体系结构的优势，实现了高度并行化和优化。它能够有效地利用多核处理器、GPU 加速等硬件资源，提供快速且可扩展的模拟性能。
用户友好的界面和文档：GROMACS 提供了一套简洁而强大的命令行界面和配置文件系统，使用户可以方便地设置和运行模拟。此外，它还有详细且易于理解的文档、教程和示例，帮助用户学习和使用软件。
开源自由：GROMACS 是一个开源软件，遵循 GNU General Public License (GPL) 版本 2 许可协议。这意味着用户可以自由地使用、修改和分发软件，以及访问其源代码。
CPU版使用-提交单节点多线程作业
$ cat gromacs.lsf
#BSUB -J gromacs
#BSUB -q normal
#BSUB -n 30
#BSUB -R "span[hosts=1]" # 每个节点跑25核
#BSUB -o gromacs_%J.out
#BSUB -e gromacs_%J.err
module load GROMACS/2019.5
mpirun -np $LSB_DJOB_NUMPROC gmx_mpi mdrun -deffnm md_80 -cpi md_20.cpt -ntomp 1 -noappend
CPU版使用-提交多节点并行作业
$ cat gromacs.lsf
#BSUB -J gromacs
#BSUB -q parallel # 需要向管理员申请parallel队列使用权限
#BSUB -n 100
#BSUB -R "span[ptile=25]" # 每个节点跑25核
#BSUB -o gromacs_%J.out
#BSUB -e gromacs_%J.err
module load GROMACS/2019.5
mpirun -np $LSB_DJOB_NUMPROC gmx_mpi mdrun -deffnm md_80 -cpi md_20.cpt -ntomp 1 -noappend
GPU版使用
#BSUB -J gromacs
#BSUB -q gpu
#BSUB -n 5 # 需要向管理员申请gpu队列使用权限
#BSUB -o gromacs_%J.out
#BSUB -e gromacs_%J.err
module load GROMACS/2018.3-GPU
gmx mdrun -deffnm md_80 -cpi md_20.cpt -nt $LSB_DJOB_NUMPROC -noappend
# 数据下载
wget https://ftp.gromacs.org/pub/benchmarks/water_GMX50_bare.tar.gz
cd water_GMX50_bare.tar.gz
cd water-cut1.0_GMX50_bare/0768
# 生成“topol.tpr”文件
gmx_mpi grompp -f pme.mdp
# 运行测试
# 使用GPU
mpirun -np 1 gmx_mpi mdrun -pin on -ntomp 64 -v -nsteps 10000 -resetstep 8000 -noconfout -pme gpu -nstlist 400 -s topol.tpr
# 不使用GPU，单进程、64线程
mpirun -np 1 gmx_mpi mdrun -pin on -ntomp 64 -v -nsteps 10000 -resetstep 8000 -noconfout -nstlist 400 -s topol.tpr
# 不使用GPU，64单进程、单线程
mpirun -np 64 gmx_mpi mdrun -pin on -ntomp 1 -v -nsteps 10000 -resetstep 8000 -noconfout -nstlist 400 -s topol.tpr
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