RStudio

• 载入rstudio

  如果没有配置module，请先配置module，见 module。

  $ module load RStudio/4.2 
  

• 提交rstudio作业

  $ rstudio_submit
  Job <80178229> is submitted to queue <normal>.
  

• 查看作业输出

  作业正常运行后，使用bpeek命令查看作业输出信息。第7行中，login_port为集群登录端口，login_ip为集群登录IP；13, 14行的用户名和密码为网页端rstudio的登录用户名和密码。

  $  bpeek 80178229
  << output from stdout >>
  
  << output from stderr >>
  1. SSH tunnel from your workstation using the following command:
  
  ssh -p login_port -N -L 0.0.0.0:58093:c03n01:58093 username@login_ip
  
  and point your web browser to http://login_ip:58093
  
  2. log in to RStudio Server using the following credentials:
  
  user: username
  password: OyKPU9F/WM+gLWr432mk
  
  When done using RStudio Server, terminate the job by:
  
  1. Exit the RStudio Session ("power" button in the top right corner of the RStudio window)
  2. Issue the following command on the login node:
  
      bkill 80178229
  

• 端口转发

  即上面第7行代码的内容，-L 参数部分每次都不相同。将运行在计算节点的rstudio server服务端口转发至登录节点，以便用户能在个人PC上的浏览器中打开rstudio server。在使用rstudio过程中，需要保持该命令在终端中一直运行；rstudio作业结束后，按ctrc+c组合键结束该命令即可。

  Warning

  该命令需要在登录节点运行，不能在交互节点运行。

  $ ssh -p login_port -N -L login_ip:58093:sg59:58093 username@login_ip
  

• 打开rstudio server

  在个人PC浏览器中打开链接, login_ip:58093，其中58093与上面-L 参数的login_ip:58093保持一致，打开后分别输入上面的用户名和密码即可。有时可能因为存储压力交大，rstudio server后台启动时间较长，导致浏览器页面打开时间较长，此状况等几分钟即可。

  用户可在rstudio中自行安装R包，默认安装路径为${HOME}/R/rstudio/4.2/，不同rstuio版本此路径不同。部分常用R包也可由管理员安装在公共路径中供用户使用。

  require(ggplot2)
  data(diamonds)
  set.seed(42)
  small <- diamonds[sample(nrow(diamonds), 1000), ]
  p <- ggplot(data=small, mapping=aes(x=carat, y=price, shape=cut, colour=color))
  p+geom_point()
  

  

• 注意事项

  • 一个浏览器中只能打开一个rstudio页面；

  • rstudio作业被提交在interactive队列，该队列每个用户的作业数有限制，请勿提多个studio作业；

  • 每个rstudio作业的时长与interactive上的作业时长一致，一般为24h，超时自动被系统杀掉；

  • 请勿在Rstudio中运行使用非常多内存的程序(30G)，否则会被系统杀掉；杀掉之后再启动Rstudio会加载之前的环境和数据，导致Rstudio超内存限制启动失败(Bus error)，解决办法为删除目录 ~/.local/share/rstudio