colabfold

ColabFold 是 Sergey Ovchinnikov 等人开发的快速蛋白结构预测软件，使用 MMseqs2 替代 MSA，能够快速精准预测包含复合体在内的蛋白结构。项目地址：https://github.com/sokrypton/ColabFold

GPU队列¶

默认情况下，用户无GPU队列使用权限，若需要使用请参照 GPU节点使用。

gpu02节点因为GPU卡型号较老，测试中发现alphafold未能在该节点运行成功。下面模板中将作业交到了gpu01节点。使用GPU队列时设置 --use_gpu_relax。

#BSUB -J colabfold
#BSUB -n 1
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q gpu
#BSUB -m gpu01

module load colabfold

colabfold_batch --amber --use-gpu-relax --num-recycle 1 test.fa colabfold_output

非GPU队列¶

使用非GPU队列时设置 --cpu。

#BSUB -J colabfold
#BSUB -n 1
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

module load colabfold

colabfold_batch --amber --cpu --num-recycle 1 test.fa colabfold_output

benchmark¶

一条蛋白序列，大约250bp。

>ghd7
MSMGPAAGEGCGLCGADGGGCCSRHRHDDDGFPFVFPPSACQGIGAPAPPVHEFQFFGNDGGGDDGESVAWLFDDYPPPSPVAAAAGMHHRQPPYDGVVAPPSLFRRNTGAGGLTFDVSLGERPDLDAGLGLGGGGGRHAEAAASATIMSYCGSTFTDAASSMPKEMVAAMADDGESLNPNTVVGAMVEREAKLMRYKEKRKKRCYEKQIRYASRKAYAEMRPRVRGRFAKEPDQEAVAPPSTYVDPSRLELGQWFR

队列	运行时间(s)	最大内存(MB)
gpu	503	3117
normal	5185	4930

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