orthomcl

• 准备mysql账号和密码

  orthomcl在使用过程中会用到mysql数据库，集群mysql使用参考 mysql，mysql数据库的用户名和密码可从管理员处获取，下面以username和password代称。

• 载入orthomcl-pipeline

  $ module load orthomcl-pipeline/2.0.9
  

• 在当前目录下生成配置文件

  这一步会在mysql中创建一个数据库，数据库建议命名为 orthomcl_username，username为个人集群账号，以免与其他用户的数据库冲突

  $ orthomcl-setup-database.pl --user username --password password --host s004 --database orthomcl_username --outfile orthomcl.conf 
  Connecting to mysql and creating database orthomcl_username on host s004 with user username ...
  OK
  database orthomcl_username created ...OK
  Config file orthomcl.conf created.
  

• 运行orthomcl-pipeline

  #BSUB -J orthomcl
  #BSUB -n 20
  #BSUB -R span[hosts=1]
  #BSUB -o %J.out
  #BSUB -e %J.err
  #BSUB -q normal
  
  module load orthomcl-pipeline/2.0.9
  orthomcl-pipeline -i pep/ -o out -m orthomcl.conf --nocompliant -s $LSB_DJOB_NUMPROC --yes
  

• 清理mysql数据库

  orthomcl运行完成后，如果不再使用，请及时登录mysql数据库，删除上面步骤中创建的mysql数据库。

参考

OrthoMCL Pipeline

Ortholog Detection with OrthoMCL