SqueezeMeta

本文档由朱成诚同学提供

SqueezeMeta第六步使用06.lca.pl进行taxonomic assignment of genes运行非常的慢，速度大概只有8kb/s，在github上提问作者，作者回答第六步是比较吃io的一步，但这么慢的速度完全不能理解。并且很多大集群的用户都反馈了这一步近乎0的速度，可能是数据库放在了慢速远程分区，

尝试数据库放到指定胖节点的/tmp目录下，经测试，第六步运行速度变得非常快，2分钟跑了之前2天的数据量。

如果第一次在集群上使用SqueezeMeta，可以使用胖结点s001 /tmp/squeezemeta/db 这一数据库地址(数据库下载时间较长，在集群 /share/database/squeezemeta/db/ 中放了一份)，同时运行软件时指定计算结点s001。 databases 如果在已经运行了该软件，可以在结果文件夹中找到配置文件SqueezeMeta_conf.pl，将里面的数据库地址指向胖节点s001 /tmp/squeezemeta/db 。然后使用软件自带的restart.pl脚本继续跑数据。

附代码:

#BSUB -J db_cp
#BSUB -n 1
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o db_cp.out
#BSUB -e db_cp.err
#BSUB -q smp
#BSUB -m s001
##### copy the databases
cp -r /public/home/username/db/SqueezeMeta/db/squeezemeta/db/ /tmp
##### check the databases
cd /tmp/squeezemeta/db
ll >> /public/home/username/db/SqueezeMeta/db/squeezemeta/1.txt
_______________________________________________________________
##### config rewrite
vim SqueezeMeta_conf.pl
_______________________________________________________________
#BSUB -J restart
#BSUB -n 32
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o restart.out
#BSUB -e restart.err
#BSUB -q smp
#BSUB -m s001
restart.pl TB_reset

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