hisat2

基本使用¶

创建索引¶

$ module load hisat2/2.2.1
$ hisat2-build -p 15 ref.fa ref

运行比对¶

#BSUB -J hisat2
#BSUB -n 36
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

module load hisat2/2.2.1
module load SAMtools/1.16
nt=36

hisat2 -p ${nt} -x ref -1 sample_1.clean.fq.gz -2 sample_2.clean.fq.gz | samtools sort -@${nt} -o sample.sorted.bam

注意事项¶

hisat2运行时容易出现无法找到索引文件的报错，但程序不会自动退出，会让人误以为程序还在正常运行。

提交作业后注意用bpeek查看作业输出，以及比对结果，观察是否有异常。如有异常需及时杀掉作业，调整参数，重新投递作业。

$ bpeek 42220369
<< output from stdout >>

<< output from stderr >>
(ERR): "/public/home/username/ncbi/public/Araport/inx/TAIR10" does not exist
Exiting now ...
$

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