pbassembly

#BSUB -J pbassembly
#BSUB -n 1
#BSUB -o %J.pbassembly.out
#BSUB -e %J.pbassembly.err
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -q "normal"

source activate pb-assembly
fc_run.py ./run.cfg

[General]
input_fofn=all.raw.reads
input_type=raw
pa_fasta_filter_option=streamed-median
target=assembly
skip_checks=False
LA4Falcon_preload=false


pa_DBsplit_option=-x500 -s400
ovlp_DBsplit_option=-s400


pa_HPCTANmask_option=
#no-op repmask param set
pa_REPmask_code=0,300;0,300;0,300


# adjust to your genome size
genome_size = 2000000000
seed_coverage = 30
length_cutoff = -1  

pa_HPCdaligner_option=-v -B128 -M36
#对于大基因组，如大于1GB，添加-T8，让每个daligner使用8线程，默认4线程，
#避免多个daligner可能挤在一个节点，导致节点内存耗尽，作业被挂起，同时也可以加速daligner的速度
pa_daligner_option= -k18 -e0.80 -l1000 -h256 -w8 -s100 -T8
falcon_sense_option=--output-multi --min-idt 0.70 --min-cov 4 --max-n-read 200 --n_core 1
falcon_sense_greedy=False


ovlp_HPCdaligner_option=-v -B128 -M36
#对于大基因组，如大于1GB，添加-T8，让每个daligner使用8线程，默认4线程，
#避免多个daligner可能挤在一个节点，导致节点内存耗尽，作业被挂起，同时也可以加速daligner的速度
ovlp_daligner_option= -k24 -e.92 -l1800 -h1024 -s100 -T8


length_cutoff_pr=1000
overlap_filtering_setting=--max-diff 100 --max-cov 100 --min-cov 2 --n_core 24
fc_ovlp_to_graph_option=


[job.defaults]
job_type=lsf
pwatcher_type=blocking
JOB_QUEUE=normal
MB=32768
NPROC=8
njobs=240
submit = bsub -K -n ${NPROC} -q ${JOB_QUEUE} -J ${JOB_NAME} -o ${JOB_STDOUT} -e ${JOB_STDERR} ${JOB_SCRIPT}


[job.step.da]
NPROC=8
MB=32000
njobs=240
[job.step.la]
NPROC=8
MB=32000
njobs=240
[job.step.cns]
NPROC=8
MB=4096
njobs=400
[job.step.pda]
NPROC=8
MB=32000
njobs=240
[job.step.pla]
NPROC=8
MB=32000
njobs=240
[job.step.asm]
JOB_QUEUE=smp
NPROC=24
MB=240000
njobs=1