NextDenovo

https://github.com/Nextomics/NextDenovo

NextDenovo支持中断重跑，运行过程中可能某些步骤因各种原因跑出错，导致整体运行没有结果产生，可以尝试重新提交作业，程序不需要添加其它参数即可从失败的地方重新开始运行，节省时间。

run_NextDenovo.lsf

#BSUB -J NextDenovo
#BSUB -n 1
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

module load NextDenovo/2.5.2

nextDenovo run_NextDenovo.cfg

配置文件 run_NextDenovo.cfg

[General]
job_type = lsf
job_prefix = nextDenovo
task = all # 'all', 'correct', 'assemble'
rewrite = yes # yes/no
deltmp = yes
rerun = 3
parallel_jobs = 200
input_type = raw
input_fofn = input.fofn
workdir = 01_rundir
cluster_options = -R span[hosts=1] -q normal -n {cpu}

[correct_option]
read_cutoff = 1k
seed_cutoff = 35607
blocksize = 3g
pa_correction = 250
seed_cutfiles = 20
sort_options = -m 20g -t 8 -k 40
minimap2_options_raw = -x ava-ont -t 8
#-dbuf 选项不能去掉，否则这一步每个作业会占用大量内存，导致节点卡死
correction_options = -p 8 -dbuf

[assemble_option]
random_round = 20
minimap2_options_cns = -x ava-ont -t 8 -k17 -w17
nextgraph_options = -a 1
结果文件，nd.asm.fasta 为最后组装好的基因组文件 
./01_rundir/
├── 01.raw_align
│   ├── 01.db_stat.sh
│   ├── 01.db_stat.sh.done
│   ├── 01.db_stat.sh.work
│   ├── 02.db_split.sh
│   ├── 02.db_split.sh.done
│   ├── 02.db_split.sh.work
│   ├── 03.raw_align.sh
│   ├── 03.raw_align.sh.done
│   ├── 03.raw_align.sh.work
│   ├── 04.sort_align.sh
│   ├── 04.sort_align.sh.done
│   ├── 04.sort_align.sh.work
│   ├── input.part.001.2bit
│   ├── input.part.002.2bit
│   ├── input.part.003.2bit
│   ├── input.part.004.2bit
│   ├── input.part.005.2bit
│   ├── input.part.006.2bit
│   ├── input.part.007.2bit
│   ├── input.part.008.2bit
│   ├── input.reads.stat
│   ├── input.seed.001.2bit
│   ├── input.seed.002.2bit
│   └── input.seed.003.2bit
├── 02.cns_align
│   ├── 01.seed_cns.input.idxs
│   ├── 01.seed_cns.sh
│   ├── 01.seed_cns.sh.done
│   ├── 01.seed_cns.sh.work
│   ├── 02.cns_align.sh
│   ├── 02.cns_align.sh.done
│   └── 02.cns_align.sh.work
└── 03.ctg_graph
    ├── 01.ctg_graph.input.ovls
    ├── 01.ctg_graph.input.seqs
    ├── 01.ctg_graph.sh
    ├── 01.ctg_graph.sh.done
    ├── 01.ctg_graph.sh.work
    ├── 02.ctg_align.sh
    ├── 02.ctg_align.sh.done
    ├── 02.ctg_align.sh.work
    ├── 03.ctg_cns.input.bams
    ├── 03.ctg_cns.sh
    ├── 03.ctg_cns.sh.done
    ├── 03.ctg_cns.sh.work
    ├── nd.asm.fasta
    └── nd.asm.fasta.stat
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