maker
介绍¶
maker是一个比较强大的基因组注释pipeline软件，其可以整合多种数据库、软件对基因组进行注释。
maker使用MPI库编写软件，能最大限度利用集群所有计算资源，极大地缩减了基因组注释所需的时间。
使用maker，测试了水稻MH63的11号染色体(MH63 Chr11)，32MB左右，申请资源20*6核心，大约4小时就可以跑完。
https://github.com/Yandell-Lab/maker
软件运行¶
载入maker，如果没有特殊需求，建议载入最新的版本。
module load maker/3.01.03
如果是第一次使用，需要先运行maker -CTL生成配置文件，然后在maker_opts.ctl中添加对应的genome、protein、est文件等。
LSF并行环境下运行，申请100核(-n 100)，每个节点20核(-R "span[ptile=20]")，同时使用5个节点(100/20)，这种模式必须使用parallel队列(需要向管理员申请开通队列使用权限)。
#BSUB -J maker
#BSUB -q parallel
#BSUB -n 100
#BSUB -R "span[ptile=20]"
#BSUB -o stdout_%J.out
#BSUB -e stderr_%J.err
module purge
module load maker/3.01.03
mpirun -np $LSB_DJOB_NUMPROC maker -base round1 maker_bopts.ctl maker_exe.ctl maker_opts.ctl 2>&1
注意事项¶
资源申请¶
maker运行时一次申请核数过多会导致排队时间较长，对于一般基因组，建议申请100核即可。
资源非常紧张时，建议将染色体拆分，每个染色体跑一个maker作业，每个作业申请几十核，最后再合并结果。parallel队列每人只能使用120核。
使用自训练augustus模型¶
见 augustus
错误处理¶
maker运行过程中会出现FAILED的情况，如下所示。这种情况作业不会停下，但软件处于空跑状态，没有结果更新。
因此在跑maker的过程中需要及时关注prefix_round1_master_datastore_index.log运行日志的输出，以免因程序运行出错导致浪费太多资源和时间。
出现FAILED的情况时，对于小基因组，建议杀掉作业直接重跑，或者调整参数再重跑；对于大基因组，建议将出错的染色体单独重跑，然后再合并结果。
$ cat round1.maker.output/round1_master_datastore_index.log
Chr01 round1_datastore/D0/AB/Chr01/ STARTED
Chr02 round1_datastore/D6/BF/Chr02/ STARTED
Chr03 round1_datastore/FC/43/Chr03/ STARTED
Chr04 round1_datastore/AB/6D/Chr04/ STARTED
Chr05 round1_datastore/2A/B2/Chr05/ STARTED
Chr06 round1_datastore/94/77/Chr06/ STARTED
Chr07 round1_datastore/20/25/Chr07/ STARTED
Chr08 round1_datastore/45/CE/Chr08/ STARTED
Chr09 round1_datastore/F1/4B/Chr09/ STARTED
Chr10 round1_datastore/7C/72/Chr10/ STARTED
Chr11 round1_datastore/1E/AA/Chr11/ STARTED
Chr12 round1_datastore/1B/FA/Chr12/ STARTED
Chr12 round1_datastore/1B/FA/Chr12/ FAILED
Chr09 round1_datastore/F1/4B/Chr09/ FAILED
Chr03 round1_datastore/FC/43/Chr03/ FINISHED
Chr10 round1_datastore/7C/72/Chr10/ FINISHED
Chr04 round1_datastore/AB/6D/Chr04/ FINISHED
Chr05 round1_datastore/2A/B2/Chr05/ FINISHED
Chr07 round1_datastore/20/25/Chr07/ FINISHED
Chr02 round1_datastore/D6/BF/Chr02/ FINISHED
Chr08 round1_datastore/45/CE/Chr08/ FINISHED
Chr11 round1_datastore/1E/AA/Chr11/ FINISHED
Chr01 round1_datastore/D0/AB/Chr01/ FAILED
Chr06 round1_datastore/94/77/Chr06/ FINISHED
参考¶
MAKER Tutorial for WGS Assembly and Annotation Winter School 2018
基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
Using MAKER for Genome Annotation
Genome Annotation and Curation Using MAKER and MAKER-P
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