HiC-Pro

HiC-Pro软件可以在安装时根据作业调度系统配置成集群模式，目前集群中的HiC-Pro/2.11.14 已做了集群模式配置。大致使用如下。

准备好输入文件，编辑 config-hicpro.txt 配置文件，填写 JOB_NAME、N_CPU、输入文件、结果输出路径 等，配置文件内所有输入文件和目录均填写绝对路径。

生成作业脚本，以下命令会在 out 目录内生成2个lsf作业脚本 HiCPro_step1_JOB_NAME.sh，HiCPro_step2_JOB_NAME.sh

HiC-Pro -c config-hicpro.txt -i rawdata -o out -p

这2个脚本不能直接提交，需要进行以下修改。

将以下几行注释或者删掉

#BSUB -M
#BSUB -W
#BSUB -N
#BSUB -u
#BSUB -q

添加

module load HiC-Pro/2.11.4

效果见

#BSUB -J HiCpro_s1_triticum_aestivum[1-5]
#BSUB -e HiCpro_s1_triticum_aestivum.%J.e
#BSUB -o HiCpro_s1_triticum_aestivum.%J.o
#BSUB -n 36
#BSUB -J HiCpro_s1_triticum_aestivum[1-5]
module load HiC-Pro/2.11.4
FASTQFILE=inputfiles_triticum_aestivum.txt; export FASTQFILE
make --file /public/home/software/opt/bio/software/HiC-Pro/2.11.14/HiC-Pro_2.11.4/scripts/Makefile CONFIG_FILE=/public/home/username/work/hic_wheat/hicpro_ERR23561/config-hicpro.txt CONFIG_SYS=/public/home/software/opt/bio/software/HiC-Pro/2.11.14/HiC-Pro_2.11.4/config-system.txt all_sub 2>&1

修改完成后，先提交step1

bsub < HiCPro_step1_triticum_aestivum.sh

运行完成后查看日志，如果出现错误直接重新提交这个脚本即可，直至运行成功、日志无报错。

正常运行结束后，提交 step2，step2 不需要多核运行，因此可以将HiCPro_step2_triticum_aestivum.sh 脚本中 -n 36 改成 -n 1。

bsub < HiCPro_step2_triticum_aestivum.sh

运行完成后查看日志，如果出现错误直接重新提交这个脚本即可，直至运行成功、日志无报错。

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