python

载入python¶

集群安装了多个python，如果需要使用Python，用下面的命令载入anaconda或python。

module load Anaconda2/4.0.0

安装python 模块¶

Anaconda自己带了很多常用的python模块，如果有些需要使用模块没有，可以使用pip命令自己安装，如

pip install --user biopython

也可以用 --prefix 参数指定安装位置

pip install --prefix=$PREFIX_PATH  biopython

此外可以源码安装，--prefix 参数指定安装位置，安装的目录需要提前建好，如 ~/software/basenji/0.2/，PYTHONPATH 需要的路径也需要提前创建建好，$PREFIX_PATH/lib/python3.6/site-packages/ 或 $PREFIX_PATH/lib/python2.7/site-packages/。

PYTHONPATH=$PREFIX_PATH/lib/python3.6/site-packages/lib/python2.7/site-packages/  python setup.py install --prefix=$PREFIX_PATH

还有另一种源码安装方式，如

git clone https://github.com/madmaze/pytesseract.git

cd pytesseract && pip install .

此时biopypthon被安装到了 ~/.local/lib 目录内。然后可以下面的命令检测是否正常安装

python -c "import Bio"

如果出现无法引用这个安装模块的情况，需要设置一下PYTHONPATH变量，如

PYTHONPATH=$PREFIX_PATH/lib/python3.6/site-packages/lib/python2.7/site-packages/ 
export $PYTHONPATH

更多python包安装方式见 conda, python包安装。

虚拟环境¶

需要安装大量包时，为了避免干扰，可以单独建立虚拟环境。

# 虚拟环境位置
$ mkdir django

# 创建虚拟环境
$ python -m venv django
$ ls django/
bin  include  lib  lib64  pyvenv.cfg

# 激活虚拟环境
$ source django/bin/activate
(django) $

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