生信数据库¶

集群上下载了一些数据库，包括NR、NT、Pfam、Rfam、swissprot等，路径为/share/database/，如果还有其它文件比较大的数据库需要下载的，请联系管理员。

配置好module后，使用module av 可以查看集群下载的公共数据库(module av 输出文字的最下方)，module load 载入相应的数据库后可以看到相应的使用提示，根据提示使用公共数据库即可。

$ module av
nr/20141218         nr/20190625-diamond nt/20171030         Pfam/31.0           Rfam/14.0           uniref50/201705
nr/20170605         nr/20201013         nt/20190802         Pfam/32.0           Rfam/14.1           uniref90/201705
nr/20171030         nr/20201013-diamond nt/20201013         Rfam/12.3           swissprot/20170604
nr/20190625         nt/20170605         Pfam/30.0           Rfam/13.0           uniref100/201705
$ module load nr/20201013
To use NR database, please just reference variable $NR, for example: blastp -query example.fa -db $NR -out example
$ blastp -query example.fa -db $NR -out example

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