R

集群R 使用¶

集群上安装了多个版本的R，3.3, 3.6, 4.0, 4.2等，可使用module av R 查看。用户可以根据需要，通过module load 命令调用需要的R。

module load R/4.0.0

在R/4.0.0 中，安装了许多常用的R包，部分R包安装运行时会依赖高版本GCC、库文件等，具体见本文后面的表格，使用这些R包需要先载入对应的软件。

对于集群中没有安装的R包，用户可以在自己的账号中安装。调用集群中的R安装R包时候，R包会装在默认位置~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/x.x 目录中，如使用R/4.0.0 ，R包默认安装目录为 ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0 。

各种R包安装方式见 R包安装。

如果不是安装在默认位置，可以在~/.bashrc 目录内写入R_LIBS变量来指定R包安装的位置以方便调用。

export R_LIBS=~/R_libs

Rstudio¶

为方便画图等，可以调用集群中安装的Rstudio，具体见RStudio。

Rstudio运行在计算节点，由于计算节点没有联网，因此不能直接安装R包。处理方式为：

• 自行安装

在登录节点上，使用集群公共R R/4.2.0 安装R包到指定目录，然后在Rstudio中使用安装的这个包。

$ module load R/4.2.0
# 确保 ~/R/rstudio/4.2/ 目录存在，否则自行创建
$ R

# install.packages包安装，使用lib参数指定安装位置
$ > install.packages("ggplot2", lib="~/R/rstudio/4.2/")

# Bioconductor包安装
# 先指定安装位置，然后再安装
$ > .libPaths(c("~/R/rstudio/4.2/", .libPaths()))
$ > BiocManager::install("methylKit")

• 使用预装包

  # 添加包路径
  $ > .libPaths(c('/public/home/software/opt/bio/software/rstudio/4.2/library',.libPaths()))
  
  # 如使用装好的 monocle3
  $ > library(monocle3)
  

R 依赖库¶

其它库缺失可以加载对应的库，见 常用库缺失解决办法

'GLIBC_x.xx' not found 报错解决办法，见 'GLIBC_x.xx' not found

R 源码编译及部分复杂包安装¶

4.2.0¶

devtools¶

$ module load R/4.2.0 GCC/9.4.0 freetype/2.6.5 harfbuzz/1.7.5 fribidi/1.0.13 
$ Rscript -e 'install.packages(c("devtools"), repos="http://cran.us.r-project.org")'

scRNA 镜像¶

scRNA-seq.Dockerfile

https://rocker-project.org/

igraph¶

安装 igraph_2.0.3 时报错，error: ‘isnan’ is already declared in this scope using std::isnan;，可以有三种解决方案：

• 方案1

  安装低版本的 igraph，测试安装 1.6.0 可行。

• 方案2

  使用 GCC 7，module load GCC/7.2.0-2.29

• 方案3

  更改源码，同时也要加载 GCC 5，module load GCC/5.4.0-2.26。下载源码包，解压，找到这2个源码文件src/vendor/cigraph/src/community/infomap/infomap.cc，src/vendor/cigraph/src/community/walktrap/walktrap.cpp，将其中的 using std::isnan; 给注释掉，然后再打包，再使用该源码包安装 R CMD INSTALL igraph_2.0.3.1.tar.gz。

ggtree¶

ggtree 安装过程中报错 object 'rect_to_poly' not found，根据作者的说法是 rect_to_poly 在 geom_hilight 中有使用，但这个函数有问题，然后在 ggplot2 中被移除了，导致这个报错。作者给的临时解决办法是根据 ggplot2 中新的实现，在 ggtree 中自己实现 rect_to_poly 这个函数，具体见 copy rect_to_poly, #601 。解决办法作者在这里说得不是很详细，翻源码看了一下，做了一番测试，解决方法如下：

下载 ggtree 源码，这里使用的 ggtree_3.6.2.tar.gz，解压，将 R/geom_hilight.R 中第 486 行代码注释，然后添加新的 rect_to_poly 实现，如下所示。

# rect_to_poly <- getFromNamespace("rect_to_poly", "ggplot2")
rect_to_poly <- function(xmin, xmax, ymin, ymax) {
  data_frame0(
    y = c(ymax, ymax, ymin, ymin, ymax),
    x = c(xmin, xmax, xmax, xmin, xmin)
  )
}

$ tar -czvf ggtree_3.6.2.1.tar.gz ggtree
$ R CMD INSTALL ggtree_3.6.2.1.tar.gz 

R 4.3.2¶

R 编译安装¶

在交互节点安装

$ wget https://mirror.nju.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.3.2.tar.gz
$ tar xf R-4.3.2.tar.gz
$ cd R-4.3.2
$ module load  PCRE/10.00
$ ./configure --enable-R-shlib --with-x --with-cairo --prefix=/DIR/
$ make -j12 
$ make install

devtools¶

$ module load R/4.3.2 GCC/9.4.0 freetype/2.6.5 harfbuzz/1.7.5 fribidi/1.0.13 git/2.17.0
$ Rscript -e 'install.packages(c("devtools"), repos="http://cran.us.r-project.org")'

部分错误解决¶

• C++17 standard requested but CXX17 is not defined

  安装R包的过程中出现报错 C++17 standard requested but CXX17 is not defined，解决办法为加载高版本GCC，然后设置R相关环境变量。

  $ module load GCC/7.2.0-2.29
  $ mkdir -p ~/.R
  $ echo 'CXX17 = g++ -std=c++17 -fPIC' >> ~/.R/Makevars
  

• address 0x20, cause 'memory not mapped' R包安装或运行过程中，出现如下报错

  *** caught segfault ***
  address 0x20, cause 'memory not mapped'
  

  可以通过重新安装Rcpp解决

  $ >remove.packeages('Rcpp')
  $ >install.packages('Rcpp')